В настоящее время структура Воено-космической академии имени А.Ф.Можайского включает: управление (командование, отделы и службы), девять факультетов, на которых обучаются курсанты по программам с полной военно-специальной подготовкой, специальный факультет, факультет среднего профессионального образования, факультет переподготовки и повышения квалификации, а также шестнадцать общеакадемических кафедр, военный институт (научно-исследовательский), магистратуру (офицерские курсы) и подразделение обеспечения – база обеспечения учебного процесса (пос. Лехтуси, Ленинградская область).

Управление академии:

• Командование.
• Отделы и службы.

Основные подразделения:

1. Факультет конструкции летательных аппаратов.
2. Факультет систем управления РКК и информационно-технического обеспечения.
3. Факультет радиоэлектронных систем космических комплексов.
4. Факультет инженерного и электромеханического обеспечения.
5. Факультет сбора и обработки информации.
6. Факультет специальных информационных технологий.
7. Факультет топогеодезического обеспечения и картографии.
8. Факультет средств ракетно-космической обороны.
9. Факультет автоматизированных систем управления войсками.

• Специальный факультет.
• Факультет переподготовки и повышения квалификации.
• Факультет среднего профессионального образования.
• Общеакадемические кафедры (16 кафедр).
• Военный институт (научно-исследовательский).
• Магистратура (офицерские курсы).

Подразделение обеспечения:

• База обеспечения учебного процесса (пос. Лехтуси, Ленинградская область).