Для рассмотрения основных вопросов деятельности Академии действует выборный представительный коллегиальный орган управления - Ученый совет Академии под председательством начальника Академии.
В состав Ученого совета Академии входят члены Ученого совета, избираемые из числа руководящего состава, научно-педагогических работников и представителей других категорий постоянного состава, и члены Ученого совета, входящие в его состав по должности: начальник Академии, его заместители, начальники учебно-методического отдела и отдела организации научной работы и подготовки научно-педагогических кадров, а также начальник военного института (научно-исследовательского), начальники факультетов. Члены Ученого совета Академии, не входящие в его состав по должности, избираются на Конференции путем голосования делегатов структурных подразделений Академии.
Представители структурных подразделений Академии считаются избранными в состав Ученого совета или отозванными из него, если за них проголосовали более 50 процентов делегатов, присутствующих на Конференции (при наличии не менее двух третей списочного состава делегатов).
Состав Ученого совета Академии по результатам выборов объявляется приказом начальника Академии. Ученый совет Академии на своем первом заседании избирает заместителя председателя Ученого совета Академии и ученого секретаря Ученого совета Академии из числа его членов.
Срок полномочий Ученого совета Академии составляет 5 лет.
Довыборы в состав Ученого совета Академии взамен выбывших его членов проводятся до начала (в начале) учебного года в следующем порядке: выдвижение кандидатов на освободившиеся места производится на общих собраниях структурных подразделений Академии, выборы кандидатов в члены Ученого совета Академии - на заседании Ученого совета Академии тайным голосованием. Изменения в составе Ученого совета Академии объявляются приказом начальника Академии.
Досрочные перевыборы Ученого совета Академии проводятся по требованию не менее половины его членов. Член Ученого совета Академии считается выбывшим из его состава в результате увольнения с военной службы или в связи с переводом к новому месту военной службы, а также в случае прекращения трудовых отношений с Академией.
При рассмотрении социальных вопросов в работе Ученого совета Академии могут принимать участие с правом совещательного голоса представители всех категорий постоянного и переменного состава, численность и порядок делегирования которых определяет Ученый совет Академии.
План работы Ученого совета Академии разрабатывается на учебный год и утверждается начальником Академии.
Заседания Ученого совета. Академии и его решения оформляются протоколом, который подписывается председателем (заместителем председателя) и ученым секретарем Ученого совета Академии. Решения Ученого совета Академии по вопросам присвоения ученых званий и избрания на должности научно-педагогических работников принимаются тайным голосованием в установленном порядке. Порядок принятия решений по другим вопросам (открытым или тайным голосованием) определяется Ученым советом Академии на заседании. Решение Ученого совета Академии правомочно, если на заседании присутствовали не менее двух третей его членов и за решение проголосовали более 50 процентов присутствующих, а при принятии решения о присвоении ученых званий -не менее двух третей присутствующих, что должно подтверждаться явочным листом с подписями членов Ученого совета Академии. Ученый совет Академии рассматривает и обсуждает: проекты основных профессиональных образовательных программ и планы мероприятий по основным направлениям деятельности Академии;
состояние образовательной, методической и научной (научно-исследовательской) деятельности, воспитательной работы и воинской дисциплины, организации и итоги набора курсантов, слушателей, адъюнктов, докторантов, выпуска из военно-учебного заведения;
результаты анализа отзывов из войск (сил) на выпускников, прослуживших один год после окончания вуза в воинских частях и организациях Вооруженных Сил Российской Федерации;
результаты научной (научно-исследовательской) деятельности, педагогических исследований и экспериментов, состояние подготовки и аттестации научных и научно-педагогических кадров; вопросы редакционно-издательской деятельности; состояние и перспективы развития учебно-материальной базы; проект сметы доходов и расходов по приносящей доход деятельности;
другие вопросы, связанные с результатами мониторинга деятельности Академии, а также иных видов деятельности Академии. Ученый совет Академии принимает решения: о внесении на обсуждение Конференции предложений по вопросу изменений настоящего Устава;
о приеме офицеров в адъюнктуру, допуске кандидатов наук к научному руководству подготовкой адъюнктов по соответствующей специальности;
об утверждении тем кандидатских диссертаций и развернутых планов подготовки диссертаций;
о целесообразности продолжения подготовки в адъюнктуре; об итогах завершения подготовки адъюнктов; о премировании начальника Академии единовременными премиями за счет средств от приносящей доход деятельности за общее руководство приносящей доход деятельностью;
о представлении в установленном порядке руководящего состава и научно-педагогических работников к присвоению ученых званий и об утверждении результатов экспертизы ходатайств о присвоении ученых званий, рассматриваемых по поручению федерального органа исполнительной власти, осуществляющего функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере образования;
о выдвижении кандидатов в соответствующие академии наук, на присвоение государственных почетных званий, на соискание государственных премий, а также для назначения именных и других персональных стипендий, в том числе стипендий Президента Российской Федерации, специальных государственных стипендий Правительства Российской Федерации и стипендий Министра обороны Российской Федерации;
о проведении обсуждения и выборов по конкурсу на замещение вакантных должностей научно-педагогических работников, выборах заведующих кафедрами, конкурсном избрании претендентов на вакантные должности преподавательского состава, замещаемые лицами гражданского персонала Академии.
Ученый совет Академии проводит экспертизу аттестационных документов, представляемых для присвоения ученых званий профессора и доцента.
На факультетах Академии, имеющих в своем составе кафедры, для рассмотрения основных вопросов их деятельности действуют ученые советы факультетов под председательством начальников факультетов Академии.
В военном институте (научно-исследовательском) для рассмотрения основных вопросов его деятельности действует научно-технический совет военного института (научно-исследовательского) под председательством начальника военного института (научно-исследовательского) Академии.
В Академии на правах совещательных органов могут создаваться советы: учебно-методический, ветеранов Академии; комиссии: предметно-методические, по рационализаторской и изобретательской работе, военно-техническая; спортивный комитет; редакционная коллегия и другие советы и комиссии по направлениям деятельности Академии. Все совещательные органы руководствуются в своей работе собственными положениями, которые рассматриваются на Ученом совете Академии и утверждаются начальником Академии.